Faire griller les poivrons sur une feuille de papier-alu dans le four préchauffé à 200°c pendant 20 min. Les sortir du four et les peler. Les couper en 2, ôter leurs graines et les couper en lanières. Baisser la température du four à 180°c. Eplucher les oignons et les hacher. Dans une sauteuse, faire blondir dans l'huile 1 oignon. Ajouter les poivrons, le paprika et continuer la cuisson 10 min. Casser 3 œufs dans une jatte. Saler et poivrer. Verser les poivrons avec les œufs battus dans le fond d'un moule à manqué beurré. Enfourner pour 5 min.

Laver les courgettes et les couper en cubes. Les faire revenir dans un peu d'huile avec le thym. Saler et poivrer. Casser 3 œufs dans une jatte et ajouter les courgettes. Verser cet appareil sur la première omelette cuite dans le moule à manqué. Enfourner pour 5 min.

Peler les tomates. Les couper en cubes. Faire revenir dans l'huile l'oignon restant et la gousse d'ail, puis les tomates et continuer la cuisson 10 min. Casser 3 œufs dans une jatte, les fouetter, saler, poivrer et mélanger avec les tomates. Verser le tout dans le moule. Enfourner pour 20 min de cuisson.

Laisser refroidir avant de démouler.